生物学となんとか 〜理系大学生の日常

理系大学生が生物学について綴る日記。レポートを書く人と自分のために。。。

TOEFL初受験!

こんにちは

本日 9/17、TOEFLを初めて受けてきたので、備忘録+TOEFL受験する人に役に立つようなことを書いていきたいと思います。

 

まず、自分がTOEFLで目標としている点数は100点です。今回の受験は初めてということで、とりあえず80-100点の間を目標として受けることにしました。

今日まで色々勉強してきましたが、勉強の割合としては

Reading:Listening:Speaking:Writing = 1:10:5:2

くらいでしょうか。。。

春(いやほんとはもっと前だが)からボキャブラリーの増強として「TOEFLテスト英単語3800」のRank3まで、5月くらいからListening対策として「まるわかりTOEFL iBT テスト リスニング」、夏休みに入ってからSpeaking対策として「TOEFL TEST iBT Speaking」に取り組んできました。また、オフィシャルガイド(4th)は結構前から少しずつ読んでたみたいな感じでしたね。本番1週間くらい前にPractice Test1をやりました。

 

セクションごとに詳しく見ていきましょう。

・Vocabulary

 これはセクションではありませんが、全セクションにおいて重要なものだと思います。自分の場合、大学受験で使った「システム英単語」をまずは見直しました。大学に入ってぬるい生活を送っていると結構忘れているものです(^^;) そのあと「 TOEFLテスト英単語3800」をやりました。この参考書はオフィシャルガイド(OG)とともにTOEFL受験者から絶大な支持を得ている参考書です。「システム英単語」を完璧にすると、Rank2の8割くらいの単語はわかります。しかし、Rank2の残り2割とRank3のほぼ全ての単語は見たことも聞いたこともないようなものばかりで、覚えるのに苦労しました。。。とりあえずRank4は放置しています。

 

・Reading

 Readingに関してはあまり勉強しませんでした。長文読解に関しては高校の時に散々やったことと、英語の難度が日本一とも言われる某国立大学入試問題でも合格者平均点が取れていたので、伸び幅が少ないと思ったからです。OGのReadingセクションの部分だけやり、あとはほとんど何もやりませんでした。強いていうなら、毎週くる科学雑誌をつまみ読みしていたのでそれが少しは助けになったかもしれません。

 

・Listening

 Listeningはかなり苦労しました、というかこれからも苦労すると思います。上述の参考書にはPre-testという、自分のレベルを教えてくれるような問題があり、それを初めて解いた時に何も聞こえず点数は半分以下で、絶望しかけました(笑)それからというもの、とりあえずは一周参考書を終わらせ、さらに二週目もやりました。ここまでくると意外とまあまあ聞こえるようになり、70%以上程度の正答率は維持できるようになりました。まずは英語をめちゃくちゃ聴きまくるというのが一つ方法だと思います。Listeningの問題で低レベルな点数を取るたびにgoogleで「toefl listening」と調べるような毎日でした(笑)一応本番数週間前からは朝食時に15分くらいのPodcastを聞くことを習慣としました。

 

・Speaking

 日本人にとって最大の難関と言われるセクションですが、それは純ジャパの自分にとっても例外ではありませんでした。高校の時に英文は散々読みましたが、自分から話すなんて機会は皆無でした。とりあえず一冊の参考書に目を通しましたが、それはTOEFLの問題を知るということだけであり、直接的なspeaking力の向上ではないと思います。これからの課題です(何が一番効果的なんでしょうか。。。)

 

・Writing

 WritingもReadingと同様に特に参考書等は購入しませんでした。OGに目を通し、ネットでTOEFL Writingについての記事を読んだりして、なんとなく概要が掴めたので、軽く問題演習をしましたが、そこで「あれ、結構いけるんじゃね」と思ってしまったのです笑 Writingの採点をきっちりされたことがないので、今回の結果をみてまたどうしようか考えたいと思います。

 

どのセクションも一通りTOEFLの問題を把握したあとは実践演習(中国TPOというサイトを使いました)という形で今回はテストを迎えましたが、今後100点を目指す上では、単なる実践演習を積み重ねてもおそらくあまり意味がなく、それぞれの力の底上げがなんらかの形で必要だと思います。

 

 

 

さて、忘れないうちに今日の話に入りましょう。

普段の生活ではなかなか「本番」を体験することがなく、大学受験以来の緊張をしてしまいました。テスト開始時間は10:00、集合時間は9:30で、7時に起きればよかったものの、夜もあまり眠れず、6時に起きてしまいました笑

そんなこんなで結局9:10くらいにテスト会場につきました。会場に着くと身分証明(ID)を確認されたあと、誓約書みたいなものを書かされます。不正をしないというような内容の英文を書き写し、署名します。それが終わると、いよいよテスト部屋に行くのですが、この時に「ポケットチェック」「足首を見せるチェック」「金属探知機チェック」があったり、テスト部屋に入ると声を録音されたりなどの準備が一人ずつあるため、かなり待たされました。一人当たり3-5分くらいかかっていました。よく、Speakingの問題内容を推測するためにできるだけ遅く会場入りした方が良いというサイトを見かけますが、遅く入るとそれ以上に開始までの待ち時間が長くなり、得策ではないように思います。今回のテスト会場ではIDを忘れた方がいて、盗み聞きをしていると(笑)11:00までにとって来れればギリギリセーフ、または家族などにテスト終了までに持ってきてもらえば良いという話をしていました。意外とそこまで厳しいわけでは内容ですね。。。自分の会場では荷物は椅子の下に置くが、休憩時間も荷物を開けることはできないので、食べるものなどはバッグからあらかじめ出して置く、というものでした。テスト中に机において良いものはIDと配られた紙と鉛筆のみ、ティッシュは手を挙げると数枚くれ、それが終わったら回収のような形だったようです。これはかなり厳しいかもしれませんね、特にアレルギーの人には(自分もアレルギーですが、今日は無事でした)。

 

事務的なところはこんな感じでしょうか。ちなみに自分が今回受けた会場は早稲田大学29号館で、4月にできたばかりらしくかなり綺麗で、隣の人との間にもしっかり壁?があるので、集中しやすい環境ではないかと思います。特に不満な部分はありませんでした。ネットで調べてもここまで詳しい情報は乗っていないので、特にこれから初回受験だというかたは参考にしていただければと思います。

そういえば、USキーボードでアポストロフィーが場所が違うから確認しておいた方がいいなんて話もあって、自分は確認していきましたが、自分の会場では親切なことにキーボード変換表がおいてあって、パソコン音痴でもわかるようにしてありました。試験監督も日本人で余計な不安がなくてすみました。

 

 

 

さて、テストの感想と自分なりの分析をセクションごとに書いていきます。

 

・Reading

 いよいよ始まって、制限時間を見ると80分で、ダミー問題がありました。ダミー問題って本当に嫌ですよね。受験生の体力と集中力を削ります。昔はダミー問題を区別することができたそうですが、今は多分区別できません。文系、理系のtopicがそれぞれ2題でした。やってみた感じは8割取れてればいいかなぐらいでした。難しい問題と簡単な問題が別れており、少し時間にも追われてしまいました。

 反省点としては、自分が専門としていないtopic(biology以外)に関してはvocabularyが不十分かなと思いました。読んでもあまり意味が入ってこなかったりしたのと、選択肢の選択で時間をとってしまいました。これからはvocabularyをさらに増やしつつ、自分が苦手なtopicの問題を多く解けば30点に近づくと思います。

 

・Listening

 これもよく聞けて完璧にできたという問題と部分部分で何言ってんだこいつという問題があって、出来がいいとは言えませんでした。正答率的には6-7割でしょうか。。。

 やはり英語を一単語一単語追えるほどに耳と脳がついていっていないことを実感しました。これもひたすら英語を聞くしかないのでしょうか。dictationが有効という話も聞くので、これから戦略を考えていきたいと思います。

 

・Speaking

 1問目でノックアウトされましたw 1問目って普通「好きな親戚とその理由」とか、「嫌いな先生とその理由」とか、割と話しやすいtopicについてなはずなんですよ!笑

ところが今日の問題は、あんまり覚えていないのですが、「small businessを成功させるには次の3つのうちどれが重要だと思うか?」でした。。。。

知るか(; ;) そもそも3つ?そんな話どこでも聞いたことないぞ笑 一応カタコト英語で答えましたが、微妙ですね。

他にも時間切れになってしまった問題も数問あって、やはり能力のなさがそのまま出てしまいました。今後一番力を入れなければならないsectionですね。何をするかはこれからじっくり考えます。

 

・Writing

 TOEFLの試験は4時間の試験に対して10分の休憩しかなく、このセクションは最後のセクションで、集中力を持続させるのが難しかったです。Integrated、Independantともに5点中4点かなというかんじです。5点を取るには今回の解答ではlogicalな展開ができていなかったかなと思います。改善点としては、Listeningをしながらメモをとるという神業の向上ともう少し典型的な表現を知っておいてもいいかもしれないと思いました(It is important to~とか似た表現ばっかになっちゃう)。いろんな意味で点数が楽しみです。

 

 

全体としてはこんな感じです。予想得点は

Reading:Listening:Speaking:Writing = 24:20:19:24 = 87

くらいでしょうか。。。

どんな試験でもそうですが、自分がやった感覚と実際のでき具合を知ることは重要ですよね。約10日後にくるというscore reportを気長に待ちつつ、残りの夏休みをためておいたレポートと一緒に楽しみたいと思います。

春学期授業と夏休み

こんにちは、お久しぶりです。1ヶ月更新しないとメールがくるのですね。。。笑

 

夏休みもそろそろ終わりに近づいていますが、いい感じに勉強と遊びのバランスが保てています。生活習慣はやや難ありです 笑

具体的にはTOEFLの勉強と生物学的な勉強ですが、ほぼTOEFLですね。

一応、来週に試験が控えているので、また試験が終わったらそちらの方についても書いてみたいと思います。

 

 

さて、今期とった授業で春学期だけのものは、「植物生理学Ⅰ」「神経生理学」「遺伝学」「進化学」「宇宙と惑星の起源と地球のテクトニクス」の5つです。少ないですね。。。

以下、受けてみた感想です。

 

 

「植物生理学Ⅰ」

名前の通り植物生理学を学ぶ。テストはないが、毎回の授業についてレビューを書く必要がある。教授は学生が全員それに興味を持っていることを理解しており、レビューは専門的な内容を書けば良いというのではなく、ロジカルなものが高評価となる。また、日常生活の観察に基づいているものならばなお良い。

私はそんなに普段から植物を注意深くみたりはしていないので、毎回のレビューが結構大変でした。一度だけ教授のブログに掲載されたレビューをこのブログに載せましたが、自分のレビューは結構な頻度で教授のブログに載っていました。かといってそのレビューの評価が特別にいい訳ではなかったのですが。。。 ブログに掲載されるかどうかは成績に関係ないと言われていたようですが、実際のところどうなんでしょうか笑

 

「神経生理学」

コワモテの先生が神経について教えてくれる。高校時代にみたこともない式や理論が出てくる。結局は神経電位は物理学的な電気で考えるということらしい。。。 内容はかなり難しかったが、テストは出ると言われたところがほとんど全部で簡単だった。

今期の授業の中では一番難しかった授業ですが、自分でテスト前に色々調べながら勉強してみると色々自分の知らなかったことがわかって刺激的でした。(ただ、興味は持てなかった笑)一番試験を警戒していた科目でしたが、簡単で、受講者の評価に差がついているのか微妙だと思います。

 

「遺伝学」

遺伝学的な事柄を高校レベルから初めて、大学院入試レベルまでやる。教授の独自の定義や言葉遣いなどが、imcomprehensible 笑 テストがあり、高校で生物をとっていた人とそうでない人でかなり差が出てしまうのではないかと思われたテストだった。

 この授業も初めは知っていることばかりでつまらなかったのですが、後半になるにつれ知らないことも増え、面白かったです。生物既習の人とそうでない人の差というのはどの講義でも出て当然ですが、既習でない人はより頑張って欲しいですね。院試など遺伝学で受けたい人はとっておいて損のない授業だと思います。

 

「進化学」

分子生物学専門の先生が無機物から生物ができるとされた過程や、その後の生物の進化について話す。毎回の小テストがあるが、授業をちゃんとメモすればできるし、先生は厳しくない。テスト一週間前に教授が「全員A+が取れる」と豪語したテストは、ほとんどその小テストのままで、簡単。

 ランダムな突然変異で複雑な構造ができることはおかしいとする「ダーウィンのジレンマ」を解いていこうという授業でした。先生も毎週勉強しながら講義をしているそうで、講義の質としては高かった気がします。面白い上、評価も取りやすいのでおすすめです。

 

「宇宙と惑星の起源と地球のテクトニクス」

オムニバスの授業で5人の教授のうち、2人の教授の課すレポートをかく。テストはない。宇宙の起源から現在の宇宙開発の実態、地球のプレートテクトニクス地震に関する話がある。

 文系の人もとる授業で、理系の人にとってはレポートも書きやすくなるような感じでした。自分は特に宇宙関係に興味があるので、実際に色々なプロジェクトに関わっているような教授たちの話が聞けて面白かったです。レポートは太陽系の惑星の起源についてとプレートテクトニクスに関するウェゲナーの功績について書きましたが、まあまあいい感じで書けたかなと思います。

 

 

 

あと夏休みに「生態学実習」にいってきました。4泊5日で植物生態学の基本の測定などを学ぶ感じでしたが、軽井沢で行われ、スポーツを楽しめる機会などもありとても楽しかったです(^^) 研究室の方もほとんどが参加されていて、先輩、後輩たちと交流する機会も重要だと思います。

去年は3泊4日の「海洋学実習」にいったのですが、こちらはウニの初期発生の観察と、それが終わるとひたすら海の生物のスケッチでした。採集も数回ありましたが、遊べる機会はなく、絵も嫌いな私にとってはあまり楽しめるものではありませんでした。先輩方もほとんどおらず、交流もあまりないような感じでした。今年は研究室の教授が変わったのでどうかはわかりませんが。。。

泊りがけの実習にもなると、やはり学習と遊びのメリハリというのが非常に重要だと思います。加えて普段話さない人との交流が色々な面であると嬉しいですね。課題的には生態学実習の方が辛そうですが、今後重要になる統計処理についても実習内で教わることができ、非常に有意義でした。

生産構造図の書き方

 

3連投です!!!

 

以前、「植物呼吸量」というレポートの中で、生産構造図を作成しましたが、この図は本来、手書きで良いものでした。しかし、手書きの図がジャーナルに載っていることは通常ないので、なんとかしてパソコン上でかけないかと色々調べた結果、Rというソフトを用いて描く方法を発見しました。しかしながら、そのサイトで紹介されていた実験手法と、自分たちが行なった実験手法が異なっていたことや、そのサイトがしばらく更新されていなかったことなどが災いして、かなり苦労しました。そこで今回は、自分が作成した生産構造図を作る方法を紹介したいと思います!

なお、この方法は以下のサイトに大きく基づいています。

sonamthashi.blog.fc2.com

 

まず、前準備としてRが作業するディレクトリを指定する必要があります。これをしないと、何か指示をしても、どの場所にあるファイルを使っていいかわからず、迷子になってしまいます。

次の画像のようにリムーバブルディスクEの中にあるRというファイルを指定したければ、" setwd("E:R") "と入力してエンターを押します。

 

次に、取れたデータから、data_DWとdata_lightを作成します。この時点ではエクセルで大丈夫です。data_DWではA列に光合成器官乾燥重量、B列に非光合成器官乾燥重量、data_lightではA列に高さの区切り(自分たちは7cm区切りでした)、B列に各高さの相対照度を入力します。

 

これができたら、このエクセルファイルをタブ区切り(.txt)のファイルに変えます。これは、エクセル上で簡単に行うことができ、「名前をつけて保存」のところで、名前をいじらずに、ファイルの種類をこの形にしてあげればOKです。

 

ここまでできたら前準備は終了です。次にRでこの文章を打ち込んでください。



##################
### initial setting ###
##################
par(oma =c(1,5,1,5)) #デバイス領域内で,作図領域の外に余白をとる.
par(mfrow=c(1,2)) #画面1行2列に分割する。
par(mar =c(5,0,5,0)) #複数の図間の余白を設定
par(mgp=c(1.0,0.1,0)) #軸からラベル、軸から目盛、軸から軸線までのマージンを設定
par(mgp = c(3, 1.2, 0)) #余白の使い方.説明,ラベル,軸の位置を行で指定.
par(family="Helvetica")

####################
###data preparation ###
####################
H <- 49#群落の一番高いところを指定する。

data_DW <- read.table("data_DW.txt", header=TRUE, row.names=NULL, sep="\t") #DWのCSVファイルを読み込む
data_light <- read.table("data_light.txt", header=TRUE, row.names=NULL, sep="\t")#相対照度のCSVファイルを読み込む

data_a <- data_DW[,1] #葉身の乾物データ
data_b <- data_DW[,2] #茎及び葉鞘の乾物データ
hight_light<-data_light[,1] #相対照度の高さ
light <- data_light[,2] #相対照度

result <- nls(hight_light ~ a + b*light^3 + c*log(light), start=list( a=0.1, b=0.1, c=0.1 )) #x^3 + log(x)による非線形の近似曲線
summary(result)
par <- result$m$getPars() #resultのmに格納されているa,b,cの係数を呼び出す

##########################
###start plotting (left side) ###
##########################
barplot(data_a, xlab = expression(paste("photosynthetic organ[g DW]")),horiz=T, space=0, names.arg=hight,xlim=c(max(data_a)+0.5,0),axisnames=F, col="green") #axisnames=Fでy軸ラベルを削除

par(new=T); #グラフを重ね合わせます
plot(light, hight_light,ylim=c(0,H), xlim=c(1,100),xlab="",ylab="",axes=F, pch=1,ann=F) #相対照度のグラフを描きます

mtext("relative light intensity[%]",side=3,line=3) #2個目のx軸の名前を表示、sideは方向でaxisと同じ、lineは軸と""内の文字の間隔
mtext("hight [cm]",side=2,line=3) #y軸の名前を表示、sideは方向でaxisと同じ、lineは軸と""内の文字の間隔.lasは文字の向きを指定。

axis(3, las=1)#y軸目盛を縦書き
axis(2, las=2)#y軸目盛を縦書き

result #ちゃんと回帰式が乗っているか確認のため
par(new=T); #グラフを重ね合わせます

box() #各座標軸の付け根を閉じます

###########################
###start plotting (right side) ###
###########################
barplot(data_b, xlab = expression(paste("nonphotosynthetic organ[g DW]")), horiz=T, space=0, names.arg=hight, xlim=c(0,max(data_b)+0.5), axisnames=F) #非同化組織の棒グラフ導入

このプログラムの一つ一つで何を行なっているかを完全に説明することは、私にはできませんm(_ _)m

しかし、先ほどのサイトを元に、近似曲線を取り除き、非同化組織の区分わけを無くしたのが、だいたいこのプログラムだと考えています(もしかしたら過剰な部分があるかもしれませんが。。。)

このようにすると、次の生産構造図が出力されると思います。自分たちの実験結果で近似曲線を表そうとしたのですが、変な曲線になってしまったので、取り除きました。これは多分、実験を行った日が曇りで、太陽が出たり隠れたりして、照度がうまく取れなかったからだと思います。どうしても近似曲線を出したい方は、前述のリンクから頑張って見てください笑

 

f:id:k-ishikawa-science:20170801234140p:plain

 

Rは統計処理にも使えるソフトです。決してわかりやすいとは思いませんし、自分はまだできませんが、プログラムをカチャカチャっと書いて、統計処理なりなんなりをスパッとできたらめちゃくちゃかっこいいですね~(^^)

いつかは勉強してできるようになりたいです。無料なのも強みです!

 

 

ではでは〜

 

 

 

 

 

Real time RT-PCR レポート

細胞培養から連投です!

 

今回の実験では、Real time RT-PCRというのをやりました。

PCRといえば、おなじみ、DNAを増幅させる手法ですね。意外と理系でない方は知らないかもしれませんが、例えばDNA鑑定などをするときも「髪の毛一本で良い」というが、現実的にはその髪の毛一本ぶんのDNAから鑑定するわけではありません。そのように少量のDNAでは解析が困難であるため、PCRで増幅してから行います。

 

PCRでは94度で二本鎖を一本鎖にし、60度で合成の起点となるプライマーの結合、72度で合成を行います。このことと、熱に強いポリメラーゼを使うことは高校生物では頻出であるため、多くの方が知っていると思いますが、「実は合成の72度は、熱に強いポリメラーゼの最適温度であるだけであって、普通のポリメラーゼを使えば40度とかで良い。ではなぜ熱に強いポリメラーゼを使うのか?」と聞くと、大抵の高校生は答えられません。これは合成を行なった後、また一本鎖にする過程に戻って、というサイクルを重ねたいからです。一本鎖にするのは94度でないと行えませんから、したがって普通のポリメラーゼでは失活してしまい、ダメというわけです。

このことから、熱に強いポリメラーゼ(Taqポリメラーゼ)が見つかる前までは、1サイクル毎にポリメラーゼを加える必要がありました。

 

さて、今回のRT-PCRのRTは"reverse transcription(逆転写)"ですね。逆転写とは、RNAからDNAへ情報を移動することで、これは主な生物の通常の流れと逆になっています。このことによって、どの細胞も持っているDNAではなく、実際に発現されているmRNAの情報が解析できるわけです。

 

これらのPCRはあくまで定性的な解析で、定量的な解析は難しいとされてきました。これを解決した方法がリアルタイムPCRです。もちろん他にも方法はありますが。。。

リアルタイムPCRは、増幅の過程をリアルタイムで追うことで、定量的測定を可能にした方法です。PCRはサーマルサイクラー(温度を変えることのできる機械)だけでいいですが、リアルタイムPCRは増幅の過程をおう必要があるため、それに加えて、蛍光光度計を必要とします。具体的な方法はレポートを見てください!

 

 

最後になりますが(恒例)、レポートなどの盗用犯罪です!同じようなレポートを書く方のために参考文献表をはりますのでそれらを参考にしてみてください!

 

・今回の参考文献

 

 

 

 

 

細胞培養 レポート

お久しぶりです

20日ぶりぐらいの更新です(^^;)

 

3つしかないテストが全て終わり、やっと夏休みになりました。この後、各授業について記しておこうかと思います。

 

さて、今回の実験では細胞培養を行いました。具体的には細胞のレドックス変化(酸化還元状態の変化)と細胞周期の話です。

 

こういった細胞培養の操作は、細胞の状態を保つため、全て無菌状態で行う必要があります。クリーンベンチ内で操作を行うことはもちろん、他にも様々な細かい注意点が存在します。

 

カフェインといえば、コーヒーやココア、コーラなどに含まれ、体にいいとか悪いとか色々な情報が錯綜していますが、今回の実験では細胞内の活性酸素種(ROS)濃度との関係だけを見た所、カフェインによって活性酸素種濃度が上昇したことがわかりました。

活性酸素種は、反応性の高い酸素のことで、その反応性の高さから体には毒だと考えられており、老化などと深い関わりがあるようです。しかしながら、いらなくなった細胞の除去に使われていたりなど、無くなれば良いというわけでもありません。したがって、カフェインによる濃度上昇が一概に悪いとはいえないのですが。。。

 

さらなる実験で、カフェイン添加でROS濃度が上昇したところに、水素水を添加する実験も行いました。水素水は最近、抗酸化作用など、美肌に効果があるとか言われて、芸能人が愛用していたり、お店でもよく売られていたりなどします。この効果については、今回の実験では、ROS濃度を低下させるという効果が認められました。つまり、効果は一応あるということですね。とはいえ、継続的な実験を行なっていないので、どのくらい効果が続くのかについては疑問点でもあります。また、水素は本来水に溶けにくいものですから、水素水中の水素濃度についても疑問が残ります。

もっと洗練された実験をすれば、これらの問題が解決できるような気がしますが、それはまた、今後の機会に。。。

 

 

それでは、レポートご覧ください!

 

最後になりますが(恒例)、レポートなどの盗用犯罪です!同じようなレポートを書く方のために参考文献表をはりますのでそれらを参考にしてみてください!

 

・今回の参考文献

 

 

今回のレポートは、実習書に大きく変更点があった上、手順をレポートに書いているので、実習書はなしです!

 

 

 

抗体精製・ELISA レポート

今回の実験では、抗体精製とELISA法という実験を二週にわたって行いました。

 

抗体精製は、具体的にはEPOを免疫させたウサギの血清(特定の抗原を免疫させると血清中の、それに対する抗体が全抗体の5-30%になるそうです)からイムノグロブリンを精製するというものです。この際、アフィニティークロマトグラフィーと呼ばれる、抗原抗体反応の特異性を利用した精製法を行いました。1週目ではこのように精製したイムノグロブリンが抗EPO抗体を持っているか確認するため、ドットブロット法というのを行いました。この方法は、膜に抗原(EPO)を結合させ、次に精製したイムノグロブリン、その次に酵素標識した抗EPO抗体に対する抗体、その後、その酵素と反応して発色を示す基質と順に添加することで、抗EPO抗体が存在するところだけが発色するという方法です。これを肉眼で見ると、精製したイムノグロブリン画分にのみ抗EPO抗体が含まれていることがわかりました。

 

2週目は、こうして精製したイムノグロブリンELISA法に用いるのですが、今回の目標はELISA法で未知試料のEPO濃度を求めることです。ELISA法も原理はドットブロット法に似て、初めに精製した抗体、次に未知試料と標準試料(EPO)、その次にまた精製した抗体、さらに酵素標識した抗EPO抗体に対する抗体、発色を示す基質といった順で添加し、今度は発色を吸光度測定することで定量を行います。

添加の手順は実習書の図がわかりやすいですね。

 

このような定量法は実際に臨床でも用いられており、pg(ピコグラム、10^-12 g)/mlオーダーでの検出ができるそうです。しかし、臨床で用いられているということは、その精度にも正確性がなければならないのですが、今回の実験では残念ながら臨床で用いるには不十分な精度となってしまいました。

なかなか難しいですが、改善点はたくさんあると思うので、まだまだ精度はあげられると思います!

 

ところでpgってすごいですよね(笑)

50kgの人が1pgオーダーの計測ができるというのは、ギザのピラミッドが1gオーダーの精秤をするようなもんです(^^; (比較がおかしいですかねw)

人間の力、おそるべし!

 

 

ELISA法ではこのように正確な定量が可能ですが、ドットブロット法では肉眼での比較による定量程度になってしまいます。このような時役に立つのが画像解析です。

例えば、今あなたが読んでいる字はおそらく黒でしょうが、この「黒」というのは完全に主観的な判断ですよね?

世界的にも数%の人が色覚障害を持っていたりする中で、色を客観的に決定するというのは大事なことに思います。

ということで、今回はドットブロット法で色がついた点、つかなかった点の客観的判断をするために、Image Jによる画像解析を行いました!(班員にはオーバーキルだと言われましたが。。。(^^; )

 

 

ではでは、どんな実験か詳しく見てみてください!今回のレポートは、抗体精製とELISAに分かれています。

 

 

最後になりますが(恒例)、レポートなどの盗用犯罪です!同じようなレポートを書く方のために参考文献表をはりますのでそれらを参考にしてみてください!

 

・今回の参考文献

 抗体精製

 ELISA

 

 

 

 

抗体精製↓

ELISA

分光学的測定の基礎 レポート

今回は、紫外可視光分光光度計と蛍光光度計を使った実験を行いました!

 

なんじゃそりゃ?という人のためにさらっと説明します。紫外可視光分光光度計は試料の吸収する光の波長を見てあげる装置です。例えば、赤い溶液があったら、それはおそらく緑色の波長の光や青色の波長の光を吸収しているはずですよね?そういった波長ごとの吸光度を計測して、例えば核酸蛋白質定量、色素の特定だったり(他にも用途はたくさんありますよ!!)ができるのです。

一方で蛍光光度計は、物質が光のエネルギーを受け取って励起状態(エネルギーを通常より持った状態)になり、その後基底状態(通常の状態)に戻る時に光を発する(この光を蛍光という)という特徴を利用して、その蛍光を計測してあげる装置です。励起させる光(照射する光)の波長を変えながらある一定の蛍光波長の蛍光強度を測定すると「励起スペクトル」、励起させる光の波長を一定にして蛍光強度を読み取る蛍光波長を変えながら計測すると「蛍光スペクトル」が得られます。通常、励起スペクトルは吸光スペクトルと同じ形を示します。これは吸光度が大きい=そのぶん受け取る光のエネルギーも大きい という関係が成り立つからです。

 

 

このような機械を実験で用いる際、ただ単にルーティンワークで計測を行っている程度なら問題ないのですが、実験結果を吟味しようと思うと機械や方法の原理についての理解がとても重要になってきます。今回の実験では、そのような原理の理解が必須となり、装置としては去年から利用していたものの理解が深まって、勉強になりました。

 

 

さて、今回のレポートは2万字を超えました(笑)。ちなみに前回の酸素電極のレポートが1万7000字程度、今週進めているレポートが恐らく同じくらいになりそうです。多分、1週間の実験レポートには20-30時間程度かかっています。本気で作っているからですが、さすがに毎週2万字級のレポートを生み出すのは辛いですね。。。(^^;

 

でも、それだけ力を入れてやっているので、レポートをみれば原理等もよくわかると思います!

 

 

 

最後になりますが(恒例)、レポートなどの盗用犯罪です!同じようなレポートを書く方のために参考文献表をはりますのでそれらを参考にしてみてください!

 

・今回の参考文献