生物学となんとか 〜理系大学生の日常

理系大学生が生物学について綴る日記。レポートを書く人と自分のために。。。

初ブログ!!(質量分析法)

こんにちは。人生で初めてブログを書きます。これから色々変更していくと思いますが、どうぞよろしくお願いします!

 

早速ですが、自己紹介から。。。

日本の某W大学で生物学を主に学んでいるものです。このブログでは主に実験のレポートや授業などを元に生物学について考え、綴り、共有していきたいと考えています。

 

また、私はアメリカの大学院受験も考えて勉強しているのでそのことについても何か書くかもしれません。

まあ日記の発展のような感じで見ていただけると幸いです。

 

scienceを全く知らない人から私のような学生、研究者の方まで様々なバックグラウンドを持つ方に訪れて頂き、もしよければコメント等で議論もできたらと考えているので、コメントどんどんしてください!

 

さてさて、自己紹介はこの程度にして、早速初回のブログを書きたいと思います。

今年度初の実験は「質量分析法」についてでした。やり方は、渡された未知試料を質量分析し、データベース検索をすることで未知試料がなんだったのか当てる、というものです(これだけ聞くと簡単そう、、、)。実際の実習書とレポートは↓に載せてあります。名前等は隠してあります

 

いろんな本を読むと、本来は生体から取り出したサンプルをSDS-PAGEという電気泳動にかけてからタンパク質の種類ごとになったスポットを取り出して、質量分析するようですね。。。今回はそのステップはカットです。実習書に書いてありますが、実際にやったこととしては、まず未知試料のタンパク質高次構造を壊した上で酵素(トリプシン)によってペプチドまでしてから、質量分析、という形です。質量分析はペプチド断片をイオン化して真空内で飛ばし、その速度によってペプチドの質量を求めているそうです。今回の質量分析法はMALDI-TOF-MSで、情報は質量のみでしたが、LC-MS/MSというアミノ酸配列の情報を加えることで多種類のタンパク質同定ができる機械も存在します。先人たちの知恵はおそるべし。。。

 

どうしても気になったのが、データベース検索の時です。データベース検索は、主に検出されたペプチド断片の質量値、切断に利用した酵素などを入力すると、タンパク質の候補が出てくるというものです。しかし自分の質量分析値では有意な結果を出すことができませんでした。。。コンタミの原因は様々あるようですが、例えばクリーンベンチで実験を行なったとして、この状況が改善されるかと言われると微妙としか言いようがありません。。。どなたかうまく実験を行う方法をご存知の方は教えてください!

 

何れにしても、質量分析器は素晴らしい機械です。タンパク質の種類がわかれば、その先の研究の可能性も大きく広がります。原理等は難しく、研究という未知の世界に少しだけ足を踏み入れたような気がしました。高価な機械であるようなので、そういったものを使える環境にいることをとても嬉しく思っています。今はネットの時代なので、もっと詳しく知りたい方はぜひネットで調べてみてください、コメントに質問してくれても、答えられる範囲で答えます。

 

最後になりますが、レポートなどの盗用犯罪です!同じようなレポートを書く方のために参考文献表をはりますのでそれらを参考にしてみてください!

 

今回の参考文献

 

 

こんな感じでブログを書いていくので、これからよろしくお願いしますm(_ _)m